乙肝抗病毒治疗虽不能直接清除乙肝病毒，但可以将病毒抑制在可控的较低水平。当前已有拉米夫定、阿德福韦等口服抗病毒治疗药物应用于临床，且都能有效抑制乙肝病毒，长期治疗还能延缓疾病进展。研究显示，口服抗病毒治疗药物总体较安全。
耐药是所有口服抗病毒治疗药物的共性，是任何口服抗病毒药物都可能面临的问题。只要每三个月检测HBV-DNA和肝功能，进行疗效考核，就能发现早期病毒变异，且药物不良反应同样能及时发现。即使发生了耐药，目前也已经有了可以抑制耐药病毒复制的药物，完全可以通过尽早改变治疗方案控制住耐药和疾病的发展。
